我校研究生教育工作始于1978年，是全國首批碩士學位授權單位，是全國第三批和山西省首批博士學位授權單位。現有6個一級學科博士學位授權點，2個專業學位博士授權點，11個一級學科碩士學位授權點，10個碩士專業學位授權點，涵蓋醫學、法學和教育學3個學科門類，基本建成了以醫學為主、多學科協調發展的學位授予體系。學校先后成為有權推薦優秀應屆本科畢業生免試為碩士研究生工作單位、授予具有研究生畢業同等學歷人員碩士學位的工作單位、臨床醫學專業學位教育試點單位、公共衛生碩士專業學位（MPH）教育試點工作單位，形成了博士和碩士兩個層次，學術學位和專業學位兩種類型，學歷和非學歷兩種模式，開拓了校內主體辦學和走出去送學歷兩條途徑，建立起了多層次、多類型、多模式、多途徑有機統一的研究生培養體系，為山西省乃至國家醫衛戰線輸送了大批優秀高級專門人才。截至2024年10月，學校已累計招收全日制研究生31079名，其中博士研究生1923名；累計授予碩士學位25392人、博士學位962人。目前，在校研究生共計7498名，其中全日制博士研究生896名，全日制碩士研究生6573名，非全日制碩士研究生29名。
學校堅持以提高人才培養質量為核心，不斷完善各項培養和管理制度，深化招生改革，強化過程管理，狠抓學術道德建設，提高學位授予質量，取得了明顯成效。目前，學校共有94名博士研究生、153名碩士研究生獲得山西省優秀研究生學位論文，778名博士、碩士研究生獲得山西省研究生優秀創新項目資助。
學校堅持把導師隊伍建設作為研究生教育的關鍵環節，遵循“控制規模、優化結構、動態管理、保證質量”的方針，以提高研究生導師隊伍整體素質為核心，建設了一支師德高尚、業務精湛的研究生導師隊伍。目前，共有研究生導師2337人，其中博士研究生導師538人，碩士研究生導師1799人，共計20人被評為山西省優秀研究生指導教師，8個導師團隊被評為山西省優秀研究生導師團隊。
從1995年遴選校外兼職碩士研究生導師開始，學校對外交流與合作日趨活躍，逐漸形成與合作單位醫教相長、優勢互補、資源共享的良性循環，先后建立了15個研究生培養基地、6個山西省研究生聯合培養基地，3個山西省產教融合研究生聯合培養示范基地，4個山西省研究生教育創新中心，有力提升了我校研究生培養能力。
我校學位與研究生教育還積極加大對外交流合作工作，2012年開始，共選送40余名博士研究生進行海外培養，28名碩士研究生赴日本進行學術交流。2019年2月，派出5位優秀碩士研究生代表學校參加俄羅斯遠東聯盟哈巴羅夫斯克遠東國立大學（FESMU）舉辦的“第六屆國際大學生外科奧林匹克競賽”。
近年來，學校通過優化培養結構、更新培養方案、優化課程設置、實施研究生聯合培養制度、啟動博士研究生赴海外培養項目、提高博士研究生畢業門檻、實施研究生三級管理體制改革等一系列卓有成效的研究生教育綜合改革，切實提升了學校研究生教育整體水平，為我校研究生教育發展搭建了更加堅實的平臺。
四十多年來，幾代山醫人辛勤耕耘、追求卓越，以執著的進取精神和前所未有的創新實踐，使學位授予體系逐步健全、人才培養能力穩步提升、導師隊伍水平明顯提高，推進了我校學位與研究生教育整體水平的不斷提高，形成了具有山醫特色的學位與研究生教育體系。站在新的歷史起點上，我們要圍繞學校建成全國一流研究應用型醫科大學的目標，以育人為根本，以質量為核心，以創新為靈魂，以社會需求為導向，著力增強我校學位與研究生教育整體實力和核心競爭力，力爭達到國內同類醫科大學的先進水平，成為具有區域示范作用和重要影響的學位與研究生教育基地。
