基礎醫學學科是山西省唯一的基礎醫學博士學位授權點，擁有省內最優秀的基礎醫學科研團隊，長期以來一直開展基礎醫學理論和應用研究，圍繞食管癌發生機理、心肌缺血性疾病、肝臟纖維化、糖尿病、心腦血管病藥物、干細胞等方向開展研究。目前形成了人體生理與病理生理學、再生醫學、病理學、人體解剖與組織胚胎學、基礎藥理與分子藥理學、醫學信息學等六個穩定的研究方向。

2016年以來學科主持國家級科研項目48項、省部級科研項目163項，發表SCI論文325篇，專利83項，獲得省部級科研成果獎16項。公開發表的學術論文中，圍繞神經退行性疾病藥物治療的機制研究、代謝紊亂相關心血管疾病的多種機制研究、心肌再生的基礎與臨床研究、食管鱗癌遺傳變異的分析鑒定及癌變機制研究、健康醫療大數據應用及精準醫學等研究領域，形成了多篇標志性學術成果。其中以國家百千萬工程人選、教育部“新世紀優秀人才”、山西省青年三晉學者、“三晉英才”高端領軍人才崔永萍教授帶領的團隊，依托“食管癌發病機理及轉化研究”山西省重點實驗室和山西省科技創新重點團隊，圍繞我國特色、山西高發的食管鱗癌，聚焦于食管鱗癌早篩、早診標記物和食管癌驅動基因作用網絡研究方向，利用多組學、細胞生物學和分子生物學技術與手段，在食管癌發生發展中關鍵基因的作用及其功能研究基礎上，取得了系列原創成果。據Web of Science數據，近五年在全球食管癌遺傳變異分析領域最有影響力的人員中，本學科貢獻達17%，排名第5。

學科于2016年獲批國家級實驗教學示范中心，成為區域一流的基礎醫學教學和研究平臺。另外為了滿足科研需求，于2019年底在中都校區建成占地8000平米的基礎醫學研究中心為學科的未來發展提供了有力支撐。